1、預測導致的不確定性。
對于項目成本的預測，人們往往希望能夠反映市場的正常情況，反映社會必要勞動時間，但是實際預測的科學性和確定性卻遠遠達不到要求，這是因為預測是對人的行為或其后果的預測，而人的行為會由于預測而改變，這是不可預測性的一個重要來源。
另一方面，人在對信息的主觀篩選中，非常容易遺漏重要的信息，同時也會受到錯誤信息的誤導。即使在主要信息已經充分、及時地獲得的情況下，預測方法和基本信念的問題仍然會造成預測偏差。
2、決策導致的不確定性。
現代管理決策理論要求主體在決策過程中掌握成本的信息，提出充分的備選方案，結尾在這些方案中選取更優。然而，美國管理學家赫伯 特·西蒙對此就提出了質疑，他提出人所具有的有限理性，不容許決策者 掌握足夠多的信息，也沒有足夠多的時間做出更優選擇，因此，在項目決策中也很難掌握成本的確定信息。
3、項目管理體制導致的不確定性。
當前，項目管理體制具有投資主體多元化、業主對項目全方面負責、行業協會和中間服務機構不斷發育、政府的指導和宏觀調控作用不斷加強 的特征。由此可見，在項目啟動到結束的全過程中，項目一直處于很多機、組織的管理之下，同時受到市場、金融、勞動力的制約，這必然會帶來項目成本的不確定性。